Obwohl Margarita eine der beliebtesten und am frühesten verehrten Heiligen ist, zu den „großen Jungfrauen“ und zu den vierzehn Nothelfern zählt, fehlen zuverlässige Nachrichten über sie.
Nur eine Legende berichtet uns von der Heiligen, die in der Ostkirche Marina genannt wird. Nach der Überlieferung soll sie von ihrem Vater verstoßen und für ihren Glauben und ihre Jungfräulichkeit gequält und im Jahr 304 (307) enthauptet worden sein:
„Margarita war die Tochter des Götzenpriesters Edesius zu Antiochia in Pisidien. Weil ihre Mutter frühzeitig starb, wurde sie einer Amme übergeben, die auf dem Land wohnte und heimlich eine Christin war. Als ihr Vater sie wieder zu sich nahm, fiel ihm ihr Betragen mehr und mehr auf; sie war nicht weltlich, wie sonst die Jugend ist, besonders bei Heiden, die Gott nicht kennen. Er schloss daraus, sie müsse von Jesus Christus gehört haben und daher eingeschüchtert und verstimmt worden sein, und glaubte, es werde nicht schwer fallen, seine Tochter auf andere Gesinnungen und von der Kreuzeslehre ab- und wieder in das Heidentum hinüberzubringen. In dieser Absicht berief er Margarita auf sein Zimmer und sagte zu ihr: „Man hat mir angezeigt, dass du eine Christin bist; soll ich das von dir glauben? Wer hat dich bezaubern können, so dumme Sachen von einem gekreuzigten Gott anzunehmen?“ Mit Ehrfurcht und Sanftmut antwortete die Tochter: „Ja, Gott der Herr hat auch mich aus Barmherzigkeit zum Erbteil seines Reiches berufen, und ich darf Jesus Christus dem Bräutigam meiner Seele nennen.“ Darüber erstaunt, fragte der Vater: „Wer hat dich so betört? Vergiss nicht, welche Martern auf dich warten, wenn du nicht die Götter deines Vaters und des Reiches anbetest.“ Margarita versetzte: „Den Glauben an den einen wahren Gott und seinen Sohn Jesus Christus vermag mir nichts aus dem Herzen zu nehmen, für Jesus Christus bin ich bereit mein Blut zu vergießen, wie auch er sein Leben für mich hingegeben hat, und was wäre mir lieber, als dass auch du mit mir den einen wahren Gott erkennen und anbeten möchtest!“
Der Vater glaubte sich und sein Amt beschimpft, und zwar von seiner eigenen Tochter, und wurde nun ihr erster Ankläger bei Olybrius, der als Feldoberst unter dem Kaiser Aurelian die Statthalterschaft über Pisidien führte, und übergab ihm seine Tochter. Als sie vor dem Statthalter erschien, wurde er durch ihre Schönheit und Sittsamkeit so für sie eingenommen, dass er sie heiraten wollte, falls sie dem Christentum entsage. Seine Worte an sie waren daher sehr schmeichelhaft.
Allein die christliche Jungfrau zog die Schmach Christi den Freuden dieser Welt vor und gab dem Statthalter über die Unstatthaftigkeit und Ungenügsamkeit des Weltglückes, über die Nichtigkeit der Götzen und über die Vortrefflichkeit des Glaubens die Antwort: „Ich habe mich bereits mit Jesus verlobt und kann keinem irdischen Mann mich vermählen. Ich kann den Himmel nicht aufgeben und dafür den Staub der Erde wählen.“ Beschämt und wütend ließ Olyprius Margarita öffentlich vorführen, um sie zum Götzenopfer zu zwingen, und weil sie sich weigerte, so unbarmherzig mit Ruten schlagen, dass das Blut herabrann. Mit dieser Züchtigung war er noch nicht zufrieden, sondern er ließ die Dulderin an ihrem zarten Leib mit eisernen Kämmen so grausam zerreißen, dass er selbst seine Augen von dem Schauspiel abwenden musste, und befahl, sie in den Kerker abzuführen.
Kaum war sie den Händen der Peiniger entgangen, da machte der „Mörder vom Anfang“, dem die Ungläubigen aller Zeiten und Orte nur die dienstbaren Werkzeuge sind und von dem alle Christenverfolgung sowie alle Feindschaft gegen Gott ausgeht, selbst einen Anfall auf die heilige Märtyrin. Er erschien im Gefängnis als scheußlicher Drache, wie ihn die Seher Gottes beschreiben, mit aufgesperrten Rachen, drohend, sie zu verschlingen. Die heilige Jungfrau erkannte den Feind, betete inbrünstig zum Herrn, und im Geist ermutigt, gebrauchte sie die christliche Waffe, das Zeichen des heiligen Kreuzes – und das Untier war verschwunden. Da war Freude im Himmel über den Sturz des Drachen, und die himmlische Freude ergoss sich in die Seele der so schwer bekämpften, aber treu erfundenen heiligen Jungfrau. Mit dem himmlischen Labsal kam auch Gottes Kraft, die alles Lebende im Glauben erneuert, über ihren ganz wunden Leib und heilte ihre Wunden und erfrischte das Leben, und Klarheit Gottes erfüllte ihre Seele, und Tageshelle erleuchtete den Kerker.
Olybrius wollte noch einen Versuch machen, die Jungfrau für sich zu gewinnen. Er ließ sie vorführen. Sie erschien ganz genesen am Leib und mit einer Anmut, wie sie nur verklärter Unschuld eigen ist. Olybrius erstaunte und wurde aufs Neue von sinnlicher Liebe ihr gegenüber entzündet. „Siehe,“ sprach er, „was haben die Götter dir zuliebe getan? Sie haben dich geheilt und wollen dich retten vom Untergang. Danke ihnen also und opfere ihnen.“ Allein die Jungfrau entgegnete: „Dem ist nicht so, was vermögen tote Götzen? Was vermögen böse Menschen? Das ist die Macht des Sohnes Gottes, der die Seele von Sünden, den Leib von Gebrechen heilt in seiner Macht und Güte und seine Gläubigen tröstet.“ Wie immer und überall, so ging auch hier die unbefriedigte sinnliche Liebe in Hass über. Olybrius entbrannte vor Zorn und befahl die Widerspenstige mit glühenden Platten zu brennen und unverzüglich vom Feuer in einen Wasserbehälter zu werfen, um entweder sie damit zu töten oder wenigstens die Schmerzen zu vermehren. Die Heilige betete, als fühlte sie nicht, was am Leib vorging, und als sie gebunden ins Wasser gesenkt wurde, flehte sie voll Sehnsucht zu Jesus, er möchte dies Wasser ihr zum Taufwasser werden lassen, denn sie war noch nicht getauft. Und siehe! Die Erde erbebte, die Stricke, mit denen die Jungfrau gebunden war, lösten sich auf, es erschien eine weiße Taube, das Sinnbild der Unschuld, über ihrem Haupt, eine Stimme vom Himmel wurde vernommen, und die im Feuer und Wasser Gereinigte stieg frohen Mutes aus dem Wasser. Die Zeichen des Himmels waren nicht umsonst bei dem anwesenden Volk. Viele lobten den Christengott und starben als Zeugen des Glaubens. Die Sache nun in Eile abzutun, befahl Olybrius, Margarita mit dem Schwert hinzurichten. Bevor sie enthauptet wurde, kniete die Heilige nieder und betete zum Wohl der Kirche und der Gläubigen, und Gott nahm ihr Gebet wie ihre Seele auf.“
Viele Darstellungen zeigen die Heilige mit dem Drachen, mit einem Kreuzstab oder mit einem Kruzifix in der Hand. Ihre Attribute sind außerdem noch: Fackel, Kamm, Palmzweig und Buch. Häufig wird sie zusammen mit der heiligen Barbara und der heiligen Katharina als Dreiergruppe dargestellt. Kommt noch die heilige Dorothea hinzu, dann sind es die „Virgines capitales“ (Großen Jungfrauen).
Margarita gehört als Patronin der Gebärenden zu den vierzehn Nothelfern. Schutzheilige ist sie auch für die Bauern, die Ammen, die Jungfrauen und für den Nährstand. Sie hilft bei Gesichtsschmerzen und Wunden. Darüber hinaus wird sie als „Rodungsheilige“ verehrt, da vor der christlichen Kultur die Walddrachen zurückwichen.
Die abendländische Kirche feiert ihr Fest am 20. Juli, die griechische Kirche dagegen am 13. Juli.