Papst Felix III. war aus einer der ältesten römischen Familien entsprossen und der Urgroßvater des heiligen Gregor des Großen. Er widmete sich von Jugend an der Frömmigkeit und den geistlichen Wissenschaften und als er das gehörige Alter hatte, wurde er zum Priester geweiht und zum Kardinal der römischen Kirche erhoben. In dieser Würde zeichnete er sich durch einen solchen heiligen Eifer aus, den Frieden der christlichen Kirche und die Reinheit ihrer Lehre zu erhalten, dass er mit Übereinstimmung aller Bischöfe zum obersten Kirchenhirten erwählt wurde. Während seiner Regierung herrschten in der Kirche Jesu große Unruhen und heftig und ungestüm waren die Angriffe, die sie zu erschüttern drohten. Nicht nur allein König Odoacer versuchte die Freiheit der Kirche dadurch zu beschränken, dass er die freie Wahl der römischen Päpste bestritt und diese wichtige Stelle mit seinen Favoriten besetzen wollte, sondern auch die Bischöfe Acacius in Konstantinopel, Petrus Mongus in Alexandria und Petrus Fullo in Antiochia verweigerten dem Papst Felix den Gehorsam und beredeten sogar den Kaiser Zeno, sich ganz von der abendländischen Kirche zu trennen. Der heilige Felix, der es mit Ermahnungen und Bitten versuchte, diese verderbliche Trennung zu verhindern, hielt schließlich im Jahr 484 eine Synode in Rom und entsetzte den Mongus, Bischof von Alexandria, seiner Würde und belegte ihn als einen Anhänger der Irrlehrer mit dem größeren Kirchenbann. Diesem Urteil der Kirche widersetzten sich hartnäckig die Bischöfe von Konstantinopel und Antiochia. Sie verteidigten und schützten gegen alle kirchlichen Rechte den Mongus und hielten mit ihm Kirchengemeinschaft. Papst Felix sah sich genötigt, um die Einheit und den Frieden wieder herzustellen, im Jahr 486 Gesandte nach Konstantinopel zu schicken, die aber auf den Befehl des Kaisers während ihrer Reise gefangen genommen und durch Misshandlungen so weit gebracht wurden, dass sie sich selbst mit der Gegenpartei des Papstes vereinigten. Der heilige Felix ließ die Sache neuerdings durch eine Versammlung von 77 Bischöfen genau untersuchen, die nicht nur den Acacius nebst seinen Anhängern, sondern auch die treulosen römischen Gesandten und den Kaiser als Ungehorsame und Ruhestörer von der Gemeinschaft der Kirche ausschlossen. Der Beschluss dieser Synode wurde den Mönchen in Konstantinopel zugeschickt, die es noch mit der römischen Kirche hielten, und als sie ihn dem Acacius bekannt machten, ließ er alle Ordensmänner dieses Klosters ermorden.
Der heilige Papst Felix regierte als ein wachsamer Hirt der Kirche Gottes neun Jahre, weihte 31 Bischöfe, 28 Priester und 5 Diakone und verwendete große Summen auf die Verschönerung der Gotteshäuser. Die Kirche des heiligen Agapetus erbaute er ganz neu, bekehrte viele Arianer zum katholischen Glauben und starb im Ruf der Heiligkeit am 1. März im Jahr 492. Sein Leichnam wurde in der Kirche des heiligen Paulus beerdigt.